Vědci vyvinuli software pro vizualizaci molekul RNA

Vizualizace 2D je oproti 3D přehlednější a častěji využívána pro analýzu RNA molekul / Pixabay
Britští vědci ve spolupráci s kolegy z Česka a USA představili novou metodu vizualizace sekundárních struktur RNA.

Jejich systém využívá obsáhlou databázi vzorů, na jejichž základě dokáže predikovat a následně zobrazit 2D strukturu konkrétní molekuly.

Kyselina ribonukleová (RNA) představuje jednu z klíčových molekul v našich buňkách, kde zastává řadu důležitých funkcí. Molekuly RNA dokáží předávat genetické informace, kontrolovat a regulovat výrobu bílkovin a katalyzovat různé chemické reakce.

Na rozdíl od DNA a její známé dvoušroubovice, RNA se vyznačuje daleko variabilnějšími tvary. A právě od konkrétního tvaru molekul, které mohou být velké a složité, se často odvíjí funkce ribonukleové kyseliny. Schopnost tyto struktury efektivně předpovídat je proto pro badatele velmi důležitá.

Mezinárodní tým složený z odborníků na informatiku a biologii stojí za vývojem softwaru R2DT, který na základě sekvence RNA dokáže predikovat sekundární strukturu dané molekuly a vizualizovat ji jako 2D diagram.

„Stejně jako v případě dalších makromolekul (DNA, proteiny) se molekula RNA skládá ze sekvence reziduí (nukleotidů), která v 3D prostoru zaujímá specifický, často evolučně konzervovaný tvar. Tento tvar je determinován intrareziduálními kontakty, které tvoří tzv. sekundární strukturu a tu lze vizualizovat jako 2D diagram,“ vysvětluje doc. David Hokszaz Katedry softwarového inženýrství MFF UK, spoluautor nové metody a související studie, kterou v červnu zveřejnil renomovaný časopis Nature Communications.

R2DT v sobě zahrnuje několik nástrojů včetně databáze, která obsahuje více než tři tisíce známých struktur RNA a jejich diagramů. Ty slouží jako šablony pro vygenerování sekundární struktury a diagramu pro vybranou RNA molekulu.

Vizualizace 2D je oproti 3D přehlednější a častěji prakticky využívána pro analýzu RNA molekul. Biologům se tak do rukou dostává nástroj poskytující zobrazení, na které jsou zvyklí a se kterým mohou jednoduše pracovat.

Mohlo by vás zajímat

Reklama